在这天的战斗中，罗曼努斯违背了“智者”利奥在《战术学》中规定的与突厥人作战的原则，因而注定要失败。诚然，罗曼努斯尽力按第一个原则，即要尽快从正面与敌交战的原则去做了，然而，未等罗曼努斯赶到，塞尔柱人早已乘快骑撤退到几英里以外。与此同时，他们以骚扰战术猛击罗曼努斯的两翼。由于罗曼努斯的大部分步兵已被塔查尼奥茨带走，因此他的两翼失去了保护。苦苦拚杀的骑兵被冰雹似的箭矢激怒了，他们纷纷追赶敌军，结果大部分陷入了敌军的伏击圈。
拜占庭军的大部分人马逐步越过苏丹遗弃的军营，朝着崎岖的山地逼近。毫无疑问，在那里等待着他们的是和两翼部队同样的命运。罗曼努斯一心想抓住这股敌军，直到天黑他才意识到，如果不赶快撤回，他那堆满粮草但却无重兵把守的军营将被洗劫一空。他别无选择，只好下令撤退。就整体而言，拜军的进攻组织得井然有序，然而撤退却是另一回事了!撤退从来就是很难组织的行动，如果指挥控制不当，撤退的目的很容易被曲解。由于与侧翼部队缺乏配合，拜占庭军阵营开始出现裂痕。这正是突厥人所期待的时机!他们的轻骑兵飞快地冲入拜占庭军，使其乱成一团。罗曼努斯急令部队转身迎敌。这一招本来可能挽回局势，但是，后卫部队指挥官安德罗尼卡·杜卡斯却拒不服从命令，反而带着部队向营地退去，从而使拜占庭军的殿后部队遭到敌骑兵的疯狂砍杀。
当夜幕降临时，失去希望和凝聚力的拜占庭军两翼部队开始崩溃瓦解。中军陷入孤立无援的境地。但是，罗曼努斯仍在竭尽全力勇敢地拚杀，直到胯下的战马倒下，他本人受伤被俘。这是突厥人在历史上第一次俘获拜占庭皇帝!这场屠杀一直持续到深夜，皇帝的军营被洗劫一空。次日，整个拜占庭大军已溃不成军了。
罗曼努斯被带到苏丹面前，苏丹对他非常宽宏大度。让这位威信丧失殆尽的皇帝保住皇冠，完全符合苏丹的利益。于是，拜突双方签订了和约，内容有：拜占庭交付巨额赎金，双方签订互不侵犯条约，将拜占庭占领的某些重要地区归还突厥人。此后，苏丹释放了罗曼努斯。为了表示尊重，苏丹还派一支小部队护送他回去。
但是，拜占庭帝国决不会允许一位蒙受了象曼齐刻尔特惨败这样耻辱的皇帝继续留在帝位上。趁罗曼努斯外出之际，杜卡斯一伙儿把欧多西亚皇后贬到修道院，并宣布懦弱无能的迈克尔七世为唯一的合法皇帝。罗曼努斯设法重新纠集了一支军队。1071年秋，他踏上前往君士坦丁堡的道路，试图夺回王位，结果却在多西亚被君士坦丁·杜卡斯击败。罗曼努斯从战场上悄悄溜出，向东面的西利西亚逃去。随后，他再次纠集起一支军队出征，结果又遭失败。这次他是被叛将安德罗尼卡·杜卡斯打败的，并不幸被俘。不久，他遭到当时常见的一种酷刑，被人用拇指挖去双眼，悲惨地死去。
塞尔柱人逐渐主宰了安纳托利亚高原的大部分地区，他们的帐篷和羊群取代了拜占庭帝国的农舍。虽然那里的许多城镇以后仍存在了一段时间，但是那些曾向拜占庭提供过最佳兵源的省份已不复存在，拜占庭军队从此再也不能畅通无阻地穿过安纳托利亚了。虽然后来拜占庭皇帝阿历克塞斯一世收复了部分失地，但是曼齐刻尔特会战的结局却预示了基督教在小亚细亚统治的终结。随着十字军的长年征战，拜占庭帝国终于迅速地没落了。尽管曼齐刻尔特会战进行了不过几个小时，但它对欧洲的影响却持续了许多年。
在曼齐刻尔特会战中，曾经不可一世的拜占庭军队遭到几乎令人难以置信的惨败。有四个重大因素对这场灾难产生了直接影响：罗曼努斯即位时拜占庭军队的状况，11世纪后半叶亚美尼亚地区的丧失，会战中对敌情的一无所知以及将军们的叛变。
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