康熙十六年，黄淮运三河并决，下游七州县沦为泽国，漕运梗阻、民生凋敝，45岁的靳辅临危受命，从安徽巡抚任上转任河道总督。他带着幕僚陈潢从济宁出发，沿黄淮两岸徒步踏勘两月，遍访河工、乡民与基层官吏，把每一处决口、每一段淤塞的河道都摸查清楚，就此开启了长达十余年的治河生涯。
靳辅一改此前“头痛医头、脚痛医脚”的零散修治思路，明确提出“审其全局，将河道运道为一体，彻首尾而合治之”的总方针。上任仅三个月，他便一日之内连上八道奏疏，系统提出堵决口、疏河道、筑堤防、修漕运的完整方案，不仅得到康熙的全力支持，更彻底扭转了此前河工治理各自为政的混乱局面。
在具体施工中，靳辅继承明代潘季驯“筑堤束水，以水攻沙”的核心方略，又做出了关键的创新升级。他在主堤之外增筑遥堤、减水坝，既约束主河水流加速冲沙，又在汛期分流超额洪水，避免直接冲溃主堤；同时开挖中运河，让漕船不再借道浅滩淤积的黄河河段，直接走新修的运河通行，既保障了漕运畅通，又大幅降低了黄河段的航运风险。他还首创“以工代赈”的方式，招募受灾民众参与河工，既减轻了民间摊派的负担，又让流离失所的百姓获得生计，大幅加快了工程推进的效率。
治河十余年里，靳辅几乎把全部铺盖都搬到了工地上，风雨无阻亲临一线指挥。即便后来遭人弹劾，被革职“戴罪督修”，他也始终没有离开河工现场，最终完成了高家堰、清口、归仁堤等一系列关键工程，让此前连年泛滥的黄淮水患得到根本遏制，被淹没的大量农田重新露出水面，东南数省的百姓得以安居。
靳辅去世后，江淮百姓感戴他的治河功绩，联名上书请求为其建祠。康熙南巡时亲眼见到河工稳固、漕运畅通，也不由感慨“靳辅治河有功”。在他之后的半个世纪里，黄淮流域长期保持安澜，这份由全局统筹、亲力亲为换来的河平民安，成为中国古代水利史上浓墨重彩的一笔。
