虽然李鸿章在戊戌政治风云中能自保平安，但他的观点、态度悉为慈禧所知，戊戌政变后他自然不可能不协同再获重用。不仅如此，他还受到变相惩罚。
黄河自古以来就水患无穷，地处下游的山东更是深受其害，时常决口。1898年夏秋，山东黄河再次决口，数十县被淹，受难乡民无数，甚至浮尸蔽水。这时，慈禧出人意料地命令实龄已七十有五的李鸿章前往山东履勘山东河工。
派李前往当此苦差，慈禧当有自己的考虑：一是自己通过政变重新训政，想以派如此重臣前往灾区，显示自己对灾情的重视、对灾民的关心，以收买民心，稳定局面;二是李鸿章毕竟同情维新派，且有多人上奏要求弹劾，借此变相罚李。
此时已是初冬，而当他到山东时将是隆冬季节，对一个年近八旬的老人来说，确实难以忍受，所以李鸿章在万般无奈中上折请求慈禧太后另选他人，但未被慈禧批准。
11月30日，李鸿章一行离开北京，他特别邀请比利时工程师卢法尔(Rouffart Armand)随行。12月11日，他们到达济南。他接受卢法尔的建议，决定采取近代西方科学方法，首先测绘全河情形，研究沙从何处而生，水由何处而减，探寻根治办法。在有些地段，他还亲率卢法尔及一些官员一同勘测。
1899年3月31日，李鸿章返京复命，距他出京正好四个月。在这四个月中，他不顾隆冬严寒，不辞劳苦，驰驱两千里，认真查看，广泛听取各方意见，拿出了长、短期治本、治标两套办法，确比许多敷衍塞责、贪图享受、甚至以河务谋私利的官员强不少。
不过，李鸿章关于河工的意见却未受到朝廷重视，许多具体建议都被朝廷和有关部门以种种理由推托、否决。李鸿章对此忧心忡忡，生怕水旱之灾会激起民变。他在给友人的信中担心地说：“沧海横流之受，不得谓一隅为灾，不关全局也。”
从山东勘河回到北京后，李鸿章仍然未受重用，但又闲居了八个月后却突然时来运转，东山再起，重任封疆大吏，被任命为两广总督。从“勘河”到“督粤”，这种官运的大伏大起看似命运捉弄，其实却是李鸿章一直耐心等待、不断窥测方向、最后果断行动的结果。
原来，虽然慈禧发动戊戌政变将光绪皇帝囚禁起来，但光绪皇帝活着对慈禧和守旧派就是一个巨大的威胁，因此慈禧曾打算以“帝病重”之名谋害光绪。但此时的中国已是“半殖民地”社会，慈禧不能不先试探各国对此态度，没想到各国纷表反对，甚至表示要派医生到宫中查看光绪皇帝究竟是否病重。而且，全国亦舆论哗然，尤其各地华侨纷纷发电，有时甚至数万人联名，要求慈禧归政，确保光绪平安。
面对强大反对，慈禧只得打消谋害光绪的主意。但她又于心不甘，打算“废掉”光绪，另立新帝。但这“废立”之事仍需试探外国的态度，可是慈禧等守旧派与洋人交恶，无从打探，于是与李鸿章私交不错的荣禄便走访李鸿章，请李打听外国人的态度。
李鸿章认为自己东山再起、重获大权的机会终于来临，便不失时机回答说，这是内政，如果先询问外国人的态度有失国体，但如果派我到外地当总督，外国使节必来祝贺，这时可顺便探问外国态度而又不失国体。
除了想重掌大权外，李鸿章提出外放当总督的另一个考虑是远离京城，以避开“废立”这一至为敏感、甚至有关身家性命的宫廷权力之争。荣禄为李之说法所动，所以几天后他就被任命为两广总督。李鸿章再获重用任两广总督的消息传来，外国使节果然纷纷前来祝贺。
当李鸿章“无意之中”向他们谈起废光绪、立新皇帝的问题，这些使节则表示这是中国内政，他们“理无干涉”，但他们的国书都是给光绪皇帝的，如果另立新君是否继续承认则要请示本国，间接表达反对废立之意。荣禄、李鸿章担心废立会引起外国干涉和国内一些官员反对，因此他们也不太赞成此时废立。于是荣禄提出了不必过于着急，可先立“大阿哥”、慢慢再取得皇帝“大统”的建议，得到慈禧认可。
而任命李鸿章为两广总督，则是慈禧的老谋深算。对权谋术数，慈禧可能比李鸿章还要精通。李想外放当总督，慈禧则顺势让他当两广总督，因为广东紧邻香港、洋商众多，中外交涉日益繁杂，不懂洋务者很难在此为官，李鸿章当是最佳人选。
更重要的是，以康、梁为首的维新派在海外华侨、华商中得到广泛支持，声势越来越大，而侨民、侨商大多数都是广东人，所以广东同情康党的人很多，慈禧认为广东人心浮动、局面不稳，只有像李鸿章这样资望甚高的官员才镇得住。
慈禧此举最厉害之处在于，她清楚知道李鸿章从思想、观点上赞成、同情维新，所以一定要李前去镇压康党，将李置于不能不明确态度的“风口浪尖上”，既是对李的考验，又可将李“拉下水”强迫他也成为与自己一样的维新派的镇压者。
就在任命李鸿章为两广总督的第二天，慈禧便以光绪之名诏谕各省督抚严密缉拿康有为、梁启超：“康有为及其死党梁启超先已逋逃，稽诛海外，犹复肆为簧鼓，刊布流言，其意在蒙惑众听，离间宫廷。”
“近闻该逆狼心未改，仍在沿海一带倏来倏往，著海疆各督抚懔遵前谕，悬赏购线，无论绅商士民有能将康有为、梁启超严密缉拿到案者，定必加以破格之赏，务使逆徒明正典刑，以申国宪。”其中特别强调“沿海一带”“海疆各督抚”，显然是说给李鸿章听的。
1900年1月7日，李鸿章春风得意、精神抖擞地离京南下，于1月16日到达广州，只隔了一天就接印视事。在政坛失势一段时间后仍审时度势、积极活动，最终竟以年近八十之高龄东山再起、重任封疆大吏。李鸿章的能忍能等与终生嗜权恋栈的性格显现无余。
在两广总督任上，李鸿章必须面对如何处理与康党的关系。1月24日，清廷封时年十五的端王载漪之子溥儁为皇子(大阿哥)，史称“己亥建储”(因光绪二十五年是己亥年)，是顽固派废黜光绪的一种试探。此谕一出，全国舆论沸腾，一片反对之声，康、梁加紧了在广东的活动，准备“武装勤王”。
对康、梁，李鸿章一方面“奉职而行”，严禁其党羽在广东活动;另一方面又留有某种余地，不想与康党彻底决裂。如由于捉拿不到康、梁，慈禧怒而严令李鸿章将康、梁在广东的祖坟铲平，但李却以种种理由迟迟不动，因为他知道在中国传统中只有罪大恶极、十恶不赦才“铲祖坟”。所以他上奏说“惟虑激则生变，铲平康坟，似宜稍缓”。
但慈禧大怒，痛斥李鸿章道“语殊失当，康逆罪大恶极，如真欲乘机起事，岂留一逆坟所能遏止。该署督身膺疆寄，惟当不动声色，力遏乱萌，傥或瞻顾彷徨，反张逆焰，惟李鸿章是问”。在慈禧的威逼下，李不得不铲平康、梁祖坟，但暗中仍与康、梁有间接来往。
所以康、梁对李虽有种种不满，尤其梁启超甚至一度想派人暗杀李，但总体上对他的态度与评价是“敬其才”“惜其识”“悲其遇”。由此也反映出李鸿章对中国未来发展大势有所判断，一直对康、梁预留后路的狡猾。
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